El funcionamiento de la nueva empresa será independiente de la labor diaria de la Federación, pero será gestionada y controlada a semejanza de los órganos de gobierno de ésta, de forma que se garanticen los intereses del colectivo y se evite el control minoritario mediante la adquisición de participaciones. La Junta Directiva de la Federación, formada por 53 asociaciones provinciales que cuentan con más de 16.000 empresas instaladoras, ocupará la totalidad de los órganos de gobierno de FENIE Energía.
Las empresas asociadas podrán intervenir en el funcionamiento de la empresa convirtiéndose en comerciales o en Punto de Atención al Cliente de la misma, lo que implica poder ofrecer contratos de suministro a sus clientes y constituirse en el vínculo de FENIE Energía con ellos.
